1. Δεν υπάρχει λόγος για κάτι τέτοιο. SSH plain & simple. Αν για οποιοδήποτε λόγο θεωρείς ότι χρειάζεσαι ευκολίες θα μπορούσες να χρησιμοποιήσεις κάποιο web εργαλείο (πχ webmin). Από την δική μου εμπειρία δεν το προτείνω.
2. Ποιά εταιρεία; Τι distro θα παίξεις; Απο κει και πέρα τακτικά μπακαπ, ισχυροί κωδικοί, sftp, private key auth, τακτικά updates στα cms σου και στα Plugin σου, σωστά permissions στο server, αποφεύγεις τα root. Βασικά πράγματα, δεν είναι και κάτι φοβερό, μη φανταστείς.
3. Φυσικά. Rsync. Git.